Подобно Ягоде, Ежов незадолго до своего ареста (9 декабря) был смещён с поста главы НКВД на менее важный пост, что являлось признаком его опалы. Первоначально его по совместительству назначили наркомом водного транспорта (НКВТ): эта должность имела отношение к предшествующей его деятельности, так как сеть каналов служила важным средством внутренней связи страны, обеспечивающим государственную безопасность, и возводилась зачастую силами заключённых. После того, как 19 ноября 1938 года в Политбюро обсуждался донос на Ежова, поданный начальником управления НКВД по Ивановской области В. П. Журавлёвым (который вскоре перемещён на пост начальника УНКВД по Москве и Московской области), 23 ноября Ежов написал в Политбюро и лично Сталину прошение об отставке. В прошении Ежов брал на себя ответственность за вредительскую деятельность различных «врагов народа», проникших по недосмотру в НКВД и прокуратуру, а также за бегство ряда разведчиков и просто сотрудников НКВД за границу (в 1937 году полпред НКВД по Дальневосточному краю Г. С. Люшков бежал в Японию, в то же время сотрудник НКВД УССР Успенский скрылся в неизвестном направлении и т. д.), признавал, что «делячески подходил к расстановке кадров» и т. п. Предвидя скорый арест, Ежов просил Сталина «не трогать моей 70-летней старухи матери». Вместе с тем, Ежов подытожил свою деятельность так: «Несмотря на все эти большие недостатки и промахи в моей работе, должен сказать, что при повседневном руководстве ЦК НКВД погромил врагов здорово…»
9 декабря 1938 года «Правда» и «Известия» опубликовали следующее сообщение: «Тов. Ежов Н. И. освобождён, согласно его просьбе, от обязанностей наркома внутренних дел с оставлением его народным комиссаром водного транспорта». Его преемником стал назначенный в НКВД с поста Первого секретаря ЦК Компартии Грузинской ССР Л. П. Берия, который с конца сентября 1938 года по январь 1939 года провёл широкомасштабные аресты людей Ежова в НКВД, прокуратуре и судах.
21 января 1939 года Ежов присутствовал на торжественном заседании по случаю 15-летия смерти В. И. Ленина. Не был избран делегатом XVIII съезда ВКП(б).
Арест и смерть
10 апреля 1939 года нарком водного транспорта Ежов был арестован. Содержался в Сухановской особой тюрьме НКВД СССР.
Согласно обвинительному заключению, «подготовляя государственный переворот, Ежов готовил через своих единомышленников по заговору террористические кадры, предполагая пустить их в действие при первом удобном случае. Ежов и его сообщники Фриновский, Евдокимов и Дагин практически подготовили на 7 ноября 1938 года путч, который, по замыслу его вдохновителей, должен был выразиться в совершении террористических акций против руководителей партии и правительства во время демонстрации на Красной площади в Москве». Кроме того, Ежов обвинялся в уже преследуемом по советским законам мужеложстве (в обвинительном заключении было сказано, что Ежов совершал акты мужеложества «действуя в антисоветских и корыстных целях»).
На следствии и суде Ежов отвергал все обвинения и единственной своей ошибкой признавал то, что «мало чистил» органы госбезопасности от «врагов народа».
«Я почистил 14 000 чекистов, но огромная моя вина заключается в том, что я мало их почистил. Повсюду были враги…»
В последнем слове на суде Ежов заявил:
«На предварительном следствии я говорил, что я не шпион, я не террорист, но мне не верили и применили ко мне сильнейшие избиения. Я в течение двадцати пяти лет своей партийной жизни честно боролся с врагами и уничтожал врагов. У меня есть и такие преступления, за которые меня можно и расстрелять, и я о них скажу после, но тех преступлений, которые мне вменены обвинительным заключением по моему делу, я не совершал и в них не повинен… Я не отрицаю, что пьянствовал, но я работал как вол… Если бы я хотел произвести террористический акт над кем-либо из членов правительства, я для этой цели никого бы не вербовал, а, используя технику, совершил бы в любой момент это гнусное дело…»
3 февраля 1940 года Н. И. Ежов приговором Военной коллегии Верховного Суда СССР был приговорён к исключительной мере наказания — расстрелу; приговор был приведён в исполнение на следующий день, 4 февраля того же года в здании Военной коллегии Верховного Суда СССР. Труп кремирован в Донском крематории.
Единственной внешней приметой падения Ежова стало переименование в 1939 году недавно названного в его честь города Ежово-Черкесска в Черкесск, и «исчезновение» его изображений с некоторых «исторических» фотографий.
В 1998 году Военная коллегия Верховного Суда Российской Федерации признала Н. И. Ежова не подлежащим реабилитации.
«Ежов… организовал ряд убийств неугодных ему лиц, в том числе своей жены Ежовой Е. С., которая могла разоблачить его предательскую деятельность.
Ежов… провоцировал обострение отношений СССР с дружественными странами и пытался ускорить военные столкновения СССР с Японией.
В результате операций, проведённых сотрудниками НКВД в соответствии с приказами Ежова, только в 1937—1938 гг. было подвергнуто репрессиям свыше 1,5 млн граждан, из них около половины расстреляно.»
Из Определения № 7 н — 071/98 Военной коллегии Верховного суда РФ.
Семья
Женой Ежова была Евгения (Суламифь) Соломоновна Хаютина. Незадолго до ареста Ежова 29 октября 1938 года в подмосковном санатории имени В. В. Воровского Хаютина покончила жизнь самоубийством (отравилась).
Приёмная дочь Ежова и Хаютиной Наталья, которую в 1933 году они взяли пятимесячным ребёнком из приюта, после их ареста в 1939 году была помещена в детский дом № 1 в Пензе и получила фамилию матери, под которой и жила в дальнейшем. В Пензе она прожила около 19 лет. По окончании Пензенского музыкального училища (1958) она была направлена по распределению в Магаданскую область, где в настоящее время и проживает — посёлок Ола. В годы перестройки безуспешно добивалась реабилитации своего приёмного отца.
Награды
-Орден Ленина
-Орден Красного Знамени (Монголия)
-Значок «Почётный чекист»Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 января 1941 г. лишён государственных наград и специального звания.