Для действий в оккупированных европейских странах в подчинённых айнзатцгруппам айнзатцкомандах были образованы отделы, которые организационно соответствовали РСХА в государственной полиции, криминальной полиции и СД. После основания оккупационного управления мобильные айнзатцгруппы и команды были преобразованы в стационарные части. В каждой оккупированной стране или области был назначен руководитель полиции безопасности и СД, которому подчинялись командиры полиции безопасности. Приказы приходили от РСХА и передавались местным руководителем командирам отделов. Эта схема могла быть нарушена только прямыми указаниями высшего руководства СС и полиции, если они служили выполнению особых заданий этого органа управления СС и полиции. Дальнейшее, но редкое исключение из правила представляло собой делавшееся иногда Гиммлером переподчинение органов полиции безопасности местным гражданским властям.
Айнзатцгруппе E (Хорватия)
оберштурмфюрер СС Людвиг Тейхманн
штандартенфюрер СС Гюнтер Германн (24 апреля 1943—1944)
оберфюрер СС и полковник полиции д-р Вильгельм Фукс (октябрь/ноябрь 1944)
Айнзатцкоммандо 11a (Сараево)
штурмбаннфюрер СС и советник правительства Рудольф Корндёрфер (15 мая 1943 — 09 сентября 1943)
Айнзатцкоммандо 15
гауптштурмфюрер СС Вилли Вольтер (май 1943 — сентябрь 1944)
Айнзатцкоммандо Аграм
штурмбаннфюрер СС и советник правительства Рудольф Корндёрфер (с 09 сентября 1943)
Айнзатцгруппе G (штаб СС и полицией Чёрное море)
штандартенфюрер СС д-р Йозеф Кройцер
Айнзатцгруппе H (Словакия, 1944, оберштурмбаннфюрер СС д-р Йозеф Витиска)
айнзатцкоммандо 13: штурмбаннфюрер СС д-р Ханс Яскульски
Айнзатцгруппе L (Кохем)
штандартенфюрер СС д-р Людвиг Хаан
Айнзатцгруппе Сербия
оберфюрер СС и полковник полиции д-р Вильгельм Фукс (апрель 1941 — январь 1942)
оберфюрер СС д-р Эмануэль Шэфер (январь 1942)
В Сербии айнзатцгруппа Югославии была разделена на две айнзатцкоманды, подчинявшихся командованию армии и шефу полиции безопасности. Их задачей была борьба с «эмигрантами, саботажниками и террористами», но в первую очередь с «коммунистами и евреями». В январе 1942 года эта айнзатцгруппа была расформирована, а её функции переданы командующему СС и полицией группенфюреру СС и генерал-лейтенанту полиции Аугусту Эдлер фон Майснер.
Айнзатцгруппе Норвегия (оберфюрер СС, полковник полиции и советник правительства д-р Генрих Фелис)
Айнзатцкоммандо 1 Осло: оберфюрер СС, полковник полиции и советник правительства д-р Генрих Фелис
Айнзатцкоммандо 2 Кристиансунд
Айнзатцкоммандо 3 Ставангер
Айнзатцкоммандо 4 Берген
Айнзатцкоммандо 5 Дронтхейм
Айнзатцкоммандо 6 Тромсё
Айнзатцгруппе Ильтис (Каринтия)
штандартенфюрер СС Пауль Блобель
Айнзатцкоммандо Франция: д-р Хельмут Кнохен
Айнзатцкоммандо Бельгия: д-р Эрвин Вейнманн
Айнзатцкоммандо Нидерланды
штандартенфюрер СС д-р Йозеф Кройцер
штандартенфюрер СС д-р Ханс Нокеманн
штурмбаннфюрер СС Кнолле
Айнзатцкоммандо Люксембург (1944/45)
оберштурмбаннфюрер СС Вильгельм Нёлле
оберштурмбаннфюрер СС Эрих Хартманн
Айнзатцкоммандо Тунис (1942/43)
оберштурмбаннфюрер СС Вальтер Рауфф
На территории СССР к задачам оперативных и специальных команд были отнесены:
выявление и ликвидация партийного и комсомольского актива,
проведение розыскных мероприятий, арестов;
уничтожение советских партийных работников, сотрудников НКВД, армейских политработников и офицеров;
борьба с проявлениями антигерманской деятельности;
захват учреждений, имеющих картотеки и архивы, и т. д.
В середине мая 1941 Гейдрих поручил шефу гестапо Генриху Мюллеру обсудить с военными властями соглашение о деятельности айнзатцгрупп в тылу войск, которым предстояло сражаться на Восточном фронте. Мюллер восстановил против себя генерала Вагнера. Тогда Гейдрих поручил эту миссию Шелленбергу, которому удалось уговорить военных. Указания Гейдриха были жесткими: необходимо добиться, чтобы армия не просто терпела присутствия оперативных групп в своем тылу но и «вменила в обязанность своим ответственным службам оказывать полную поддержку всем мероприятиям этих групп, политической полиции и службе безопасности».
Перед началом кампании против СССР было создано четыре айнзатцгруппы, разделившие между собой фронт по географическому принципу. Они были созданы накануне войны, в мае 1941 года. Группы разделили между собой фронт по географическому принципу: группа «А» — страны Прибалтики; «B» — Смоленск, Москва; «C» — район Киева; «D» — южная часть Украины. Группы были разделены на айнзатцкоманды и зондеркоманды (нем. Sonderkommando, особая команда), имевшие в своём составе от 70 до 120 человек и подразделявшиеся на подкоманды по 20-30 человек. Айнзатцкоманды действовали в глубоком тылу, в то время как зондеркоманды использовались в непосредственной близости к линии фронта.
Формирование айнзатцгрупп происходило в школе пограничной полиции в Претцш на Эльбе и близлежащих Бад Дюбен и Бад Шмидеберг в мае 1941 года. Ответственным был начальник отдел I (кадров) РСХА бригадефюрер СС Бруно Штрекенбах, который отдавал поручения относительно обучения руководителю школы, доктору Туммлеру. Командиры айнзатцгрупп были набраны в основном из руководителей среднего звена РСХА. Большинство офицеров айнзатцгрупп имело высшее образование и было в возрасте от 30 до 40 лет.
В то время, как отбор на руководящие посты производился очень тщательно самим Гиммлером или Гейдрихом, остальной персонал просто набирался из Зипо, Орпо, Крипо и СД из тех, кто уже использовался для подобных заданий, без каких-либо конкретных директив на этот счёт. Зачастую просто брали всех подряд, так, например, целый выпуск командирской школы Зипо в Берлине был откомандирован в айнзатцгруппы. Никакого отбора по признаку политической благонадёжности, по словам Штрекенбаха, не имело места, так как он уже был сделан при приёме сотрудников в Зипо и СД. Вспомогательный персонал, такой, как водители, радисты, переводчики, писари и т. д. состоял частично из военнослужащих срочной службы, которые не состояли в СС. Айнзатцгруппам A — С уже во время войны придавались для усиления резервный полицейский батальон № 9, позже резервный полицейский батальон № 3.
Численность личного состава всех айнзатцкоманд составляла примерно 3000 человек. Личный состав каждой группы колебался от 500 (группа D) до 990 (группа A). В каждой группе было примерно 350 эсэсовцев, 150 шоферов и механиков, 100 членов гестапо, 80 сотрудников вспомогательной полиции (набиравшихся обычно на месте), 130 сотрудников полиции порядка, 40-50 работников уголовной полиции и 30-35 сотрудников СД. Полагалось также определённое число переводчиков, радистов, телеграфистов, управленческих работников и женский персонал (10-15 женщин на группу). Руководящий персонал состоял из гестаповцев и небольшого количества сотрудников СД и уголовной полиции.